El musgaño de Cabrera es de pequeño tamaño, de 6 a 9 cm de tronco, y de 4 a 6 cm de cola, con un peso total de entre 7,5 a 16 g. El color varía, pero el vientre siempre es claro, casi blancuzco, y la cola es bicolor. Las orejas están ocultas totalmente en el pelaje, el hocico es grueso y los dientes de color granate.
La orla de cerdas natatorias en los pies traseros está menos desarrollada que en otras especies de musgaño (como Neomys fodiens), por ser N. anomalus especie menos ligada al agua.
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